NACCSシステムとMOTASシステムの連携がうまくいかないケースとして考えられるのは主に次の３つの場合だそうだ。

1. 当日抹消、当日通関した場合
2. 輸出通関申告後にキャンセルをして、再度通関した場合
3. 輸出通関申告後に輸出抹消書類の変更の申請をした場合

この３つの条件のいずれかに該当するとNACCSの情報がMOTASに反映されない場合があるということで、MOTASのデータが「輸出の予定」のままになっている限りはリサイクル料の還付処理の手続きがそこで止まってしまい、いつまでたってもリサイクル料が還付されない状況となってしまう。

　自動車リサイクル料が還付されずにおかしいなと思ったら上記のトラブルの可能性を疑って自動車リサイクル促進センターに状況を確認し、MOTASのデータに問題がある場合は、当該車両の輸出抹消書類、輸出許可通知書、INVOICEを用意して、輸出許可を得た税関に突合処理（とつごうしょり）を依頼することとなる。突合処理とは、税関と国土交通省とのデータのリンク付け作業のことで、具体的には税関に連絡をして当該車両が輸出許可されていることを確認してもらい、その情報を税関から国土交通省へ通知、国土交通省でMOTASのデータが更新されて処理が完了する。突合処理が完了すると自動車リサイクル促進センターでMOTASのデータが「輸出の記録」に更新されていることが確認されて、自動車リサイクル料が還付されることになる。

　自動車リサイクル料の還付は車両を輸出した日から2年と有効期限があるので、おかしいと思ったら早めに確認するよう心がけたい。